양육단계까지는 균형잡힌 성도의 삶을 살아가도록 도와주는 과정이라면 제자훈련부터의 과정은 목회의 동역자로 세워가는 과정입니다. 그러므로 제자훈련에 들어온다는 것은 이미 균형잡힌 신앙의 인격이 형성되어 있어야 한다는 이야기가 됩니다. 뿐만 아니라 양육단계와 같이 모든 성도들에게 입학자격이 주어지는 것이 아니라 어느 정도의 조건을 충족시키는 성도들을 대상으로 훈련이 진행됩니다.
이 단계는 방학기간을 포함해 1년의 기간이 걸리는 과정입니다.